圣方济各大学为《专上学院条例(香港法例第320章)》下的注册院校。同时其附属法例《专上学院规例(第320A章)》亦适用于大学的管治。

校董会为大学最高管治组织，而校务会为大学管治团体之行政组织，负责督导管理校务。

大学日常管理则由大学管理团队负责。