质素保证处于协助圣方济各大学发展品质教育策略目标占有重要角色，除提供质素教育，还设立有效培植持续改进及提升质素的健全系统。质素保证处由协理总监带领，向副校长（学术及质素保证）和协理副校长（质素保证）报告。