聖方濟各大學為《專上學院條例(香港法例第320章)》下的註冊院校。同時其附屬法例《專上學院規例(第320A章)》亦適用於大學的管治。

校董會為大學最高管治組織，而校務會為大學管治團體之行政組織，負責督導管理校務。

大學日常管理則由大學管理團隊負責。