自2017年起，聖方濟各大學(前稱明愛專上學院)榮遷至將軍澳調景嶺校舍，與姊妹學校 – 明愛白英奇專業學校校舍相鄰，兩校利用空中走廊貫通並共用部分設施，以利學生交流及善用資源，同時亦象徵兩校獨特的升學階梯。
調景嶺校舍樓高九層，重視綠色建設及與睦鄰環境配套，校舍設置節能系統、重視自然光線穿透。大學會藉著環保設計，把大自然融入學校生活之中，以反映大學重視成員及睦鄰的身、心靈發展。別具特色的校舍更於2019年榮獲建築測量師卓越大獎及新建樓宇工程優勝獎等多項獎項。
以下為大學特色設施：
I. 專門教學設施
大學亦精選數個地點並為之特製了虛擬導覽體驗，供公眾能於線上一睹大學環境。
因應學科多元化，大學會專門為特定學科設立一系列專門教室，以利教學及學術發展。
以下為部分具特色的專門教學設施：
1. 健康科學及護理實驗室與實習設施
2. 余兆麒健康科學院 – 物理治療實習設施
3. 設計及電影製作設施
4. 幼兒教育模擬課室
5. 人工智能實驗室及數碼娛樂實驗室
6. 商業及款待管理學實習設施
7. 社會科學設施
8. 音樂研習設施
9. 演講廳、多媒體教室及導修室
余兆麒健康科學院設計了一系列設施，例如模擬病房、模擬藥房和實驗室，為護理學、健康科學、配藥學生提供媲美醫院及院舍的環境的臨床環境實踐經驗。這些設施以實際的醫療環境為藍本，為學生提供在實際且身臨其境的環境中發展技能的機會。
余兆麒健康科學院致力為物理治療學生添置最先進及專門設計的設備，以培養學生的專業診斷和臨床技能，於日後實踐物理治療專業服務，能具備獨立作出診斷和診治的能力。
廖湯慧靄商業及款待管理學院設有一系列模擬和培訓設施，包括實習餐廳、酒吧、模擬酒店客房、前檯等實習設施，以便修讀款待管理、酒店及旅遊管理等課程的學生在開始職業生涯之前獲得熟練的技能。
虛擬導覽 - 商業及款待管理學實習設施
大學亦設置多間大型演講廳、多媒體教室及導修室供教學及活動使用
校舍亦設有各種不同的特色及輔助設施，在教與學的同時照顧學生發展校園生活及個人的成長，以培養學生各方面發展。
