將軍澳校舍樓高九層配備大學規格，並有先進教學設施，與明愛白英奇專業學校相連，兩所校舍以空中走廊貫通。師生可享用的設施包括：別具特色的園景廣場、空中花園，以及無拘無束的休憩空間。此外，校舍採用環保建築設計，設置節能系統，比如：儲水設施、淨化空氣裝置、節能燈泡出口指示燈及園林燈飾，再生能源裝置等，務求在用水，用電，冷氣使用上都符合環保標準。簡言之，大學會藉著環保設計，把大自然融入學校生活之中，綠化心靈。
校舍的主要設備包括：
將軍澳校舍是為聖方濟各大學做好準備，貫徹我們辦學目標為優質全人教育提供基地。
